Nato a Roma il 1° febbraio 1953, giornalista professionista dal ’74, consegue il master of Science in Journalism presso la Columbia University di New York nel 1980.

Inviato del «Corriere della Sera» per circa venticinque anni (dal 1976 al 2000), è noto per le sue numerose inchieste e reportages su casi scottanti del terrorismo internazionale italiano dei cosiddetti “anni di piombo” e sullo stragismo, come il caso Moro (1978) e la strage di Ustica (1980 - A. Purgatori è stato il giornalista d’inchiesta che più di ogni altro si è battuto per la ricerca della verità sulla strage di Ustica).

Ha raccontato molti delitti da mafia dal 1982 fino alla cattura di Totò Riina (1993). Ha realizzato reportages su numerosi conflitti, fra cui la guerra in Libano (dal 1982 al 1985), la guerra fra Iran e Iraq (1980-88), la prima guerra del Golfo (1991), l’intifada e le rivolte in Tunisia e in Algeria.

Oltre che per il «Corriere della Sera», ha scritto per «l’Unità», «Vanity Fair», «The Huffington Post», «Le Monde diplomatique». Ha collaborato fino all’ultimo con il «Corriere della Sera» e «Style». È stato autore e conduttore di Uno di notte (1998). Ha realizzato servizi televisivi per Dossier, Spazio Sette, Focus (RaiDue 1978-88).

In tv ha condotto anche Confini (1996, RaiTre). Ha scritto molte fiction per la tv (Caravaggio - 2008 -, Lo scandalo della Banca Romana - 2010 -, Il commissario Nardone - 2012 -, Lampedusa - 2016) Per la saggistica ha scritto A un passo dalla guerra (1995), Il bello della rabbia(1997), I segreti di Abu Omar (2008).

Nel 2019 ha pubblicato il romanzo Quattro piccole ostriche (HarperCollins). Per il cinema ha scritto Il muro di gomma (1991) di Marco Risi, dedicato alla sua inchiesta sulla strage di Ustica, Il giudice ragazzino (1994) di Alessandro Di Robilant - film sulla vita del giudice siciliano Rosario Livatino (1952-1990) dal suo ingresso in magistratura al suo impegno nella lotta alla mafia fino al suo assassinio -, L’industriale (2011) di Giuliano Montaldo.

Ha vinto, fra gli altri,  il Nastro d’Argento per il Miglior Soggetto con Il muro di gomma, il Premio Hemingway per il giornalismo (1993), il Premio Crocodile - Altiero Spinelli per il giornalismo (1992), il Globo d’Oro (1994) per la Miglior Sceneggiatura di Il giudice ragazzino e il Premio Sergio Amidei (2009), con Marco Risi e Jim Carrington per la Migliore Sceneggiatura Internazionale di Fortapasc (2009) di M. Risi, film sulla vita e la tragica fine del giornalista Giancarlo Siani (1959-1985).

Nel 1987, oltre a partecipare al soggetto ed alla sceneggiatura del film Spettri di Marcello Avallone, vi era apparso come attore. Nel 2002 partecipa al programma televisivo Il caso Scafroglia (RaiTre), interpretando la voce off che dialoga con il conduttore (Corrado Guzzanti), mentre nel 2006 prende parte al film Fascisti su Marte di C. Guzzanti e Igor Skofic.

Sempre con C. Guzzanti ha realizzato Aniene (SkyUno). È stato coatore del programma tv di Antonio Albanese Non c’è problema (2002, RaiTre). Dal maggio 2014 al giugno 2020 è stato presidente di Greenpeace Italia. È stato membro dell’Accademia del Cinema Italiano e dell’Accademia Europea del Cinema, presidente delle Giornate degli Autori e, dal marzo 2015, membro del Consiglio di Gestione della SIAE (Società Italiana degli Autori e Editori).

Dalla stagione 2017/18 ha condotto la nuova edizione di Atlantide (La7), per cui riceve il Premio Flaiano (2019) come Miglior Programma Culturale. Fra i sui ultimi lavori, nell’autunno 2022, la docu-serie Netflix Vatican Girl: la scomparsa di Emanuela Orlandi.

Nel 2018 Andrea Purgatori aveva partecipato, con una sua preziosa testimonianza, alla realizzazione del libro fotografico Aldo Moro. Memoria, politica, democrazia (Archivio Riccardi, 2018), da cui è tratta la mostra fotografica omonima, formata da oltre cento scatti del grande fotografo Carlo Riccardi (1926-2022).